Ces rames effectuent quotidiennement deux trajets aller et retour entre Berne et Frasne via Neuchâtel et Pontarlier pour donner correspondances, à Frasne, aux TGV en provenance et à destination de Paris. Les arrêts en gare de Pontarlier sont dès lors sensiblement réduits et les contrôles douaniers sont effectués dans les trains entre Pontarlier et la Suisse.

Dès le 31 mai 1987, c'est au tour des rames TGV oranges d'emprunter la ligne du Franco-Suisse en effectuant quotidiennement un aller et retour entre Berne et Paris. A cette même date, c'est également la fin du train de nuit qui reliait Interlaken - Berne - Neuchâtel à Paris. Cette suppression marque aussi la fin des arrêts des trains directs au Val-de-Travers (Les Verrières et Travers !).

En mai 1993, les trains régionaux qui circulaient entre Travers - Les Verrières et Pontarlier sont supprimés et remplacés par un service de bus de substitution entre Fleurier et Pontarlier.

A cette même date, les rames Trans Europ Express des CFF, repeintes en gris et baptisées " Souris grises ", reprennent du service sur la ligne du Franco-Suisse comme train " Eurocity " pour assurer deux aller et retour quotidiens entre Berne et Frasne en correspondance avec les TGV de et pour Paris.

Dès le 27 septembre 1997, la relation TGV Paris - Berne est prolongée quotidiennement jusqu'à Zürich.
Elle remplace le mythique train " Arbalète " qui reliait Zürich à la gare de Paris-Est en passant par Bâle, Mulhouse et Chaumont.

Qui aurait pensé, 20 ans plus tôt, alors que le trafic international sur la ligne du Franco-Suisse déclinait depuis de nombreuses années, que la grande partie des suisses allemands transiteraient un jour par le Val-de-Travers pour se rendre à Paris ?

Le 24 mai 1998, deux paires de trains régionaux, un le matin et un en fin d'après-midi, circulent à nouveau entre Travers et les Verrières, sans aucun arrêt intermédiaire.

Le 28 novembre 1999, les rames " Souris grises ", ex. Trans Europ Express, sont définitivement retirées de la circulation après plus de 38 ans de bons et loyaux services, pour faire place à une deuxième relation TGV entre Paris et Zürich par le Val-de-Travers.

Le 28 mai 2000, l'offre régionale est à nouveau modifiée. Une seule relation matinale subsiste entre Pontarlier et Travers avec correspondance immédiate pour Neuchâtel. Elle permet aux frontaliers de rejoindre Neuchâtel rapidement; le retour en fin d'après-midi pouvant s'effectuer grâce à la relation TGV Zürich - Paris circulant sans arrêt entre Neuchâtel et Pontarlier.

Cette dernière relation régionale est supprimée lors du changement d'horaire du 12 décembre 2004 suite à une fréquentation jugée insuffisante.

Dès le 10 juin 2007, avec la mise en service de la nouvelle ligne à grande vitesse du TGV-Est entre Paris et Strasbourg, les trains Zürich - Paris passent à nouveau par Bâle au lieu d'emprunter la ligne du Val-de-Travers. Les deux relations par TGV entre Paris - Pontarlier et Neuchâtel sont limitées à Berne.

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